GUIDE PUB MED

Auteur : Millet Anne, Service de références de la Bibliothèque de l’Université de la Méditerranée, section Médecine-Odontologie

Date de création : Décembre 2001

Date de mise à jour : Janvier 2003

SOMMAIRE

Introduction Recherche simple

Recherche avancée

Méthodes pour restreindre le résultat d’une recherche

Méthodes pour élargir le résultat d’une recherche

Visualisation des références bibliographiques Sauvegarde d’un lot de références bibliographiques

Sauvegarde d’une stratégie de recherche

Recherche d’un seul article ou d’un sommaire de numéro de revue

Recherche d’informations cliniques

Liens vers les éditeurs de revues électroniques et les bases de données de biologie moléculaire

Systèmes d’alerte par courrier électronique

Pour suivre les nouveautés

Introduction

PubMed est un service sur l’Internet développé par le NCBI (National Center for Biotechnology Information), la NLM (National Library of Medicine) et des éditeurs de revues biomédicales.

Adresse Internet

Contenu

Période de couverture

Mise à jour

Adresse Internet

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

Une autre adresse, facile à retenir, peut être utilisée : pubmed.gov

Une version « texte » existe à l’adresse http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/queryd.fcgi

Contenu

PubMed donne accès à :

  des références bibliographiques PREMEDLINE.

Ce sont des références MEDLINE auxquelles il manque encore les descripteurs MeSH.

Elles sont signalées par l’expression [PubMed-in Process].

  des références bibliographiques MEDLINE.

Les références PREMEDLINE, une fois complétées avec les descripteurs MeSH, deviennent des références MEDLINE.

Les références PREMEDLINE sont alors éliminées de la base.

Elles sont signalées par l’expression [PubMed-indexed for Medline].

  d’autres références bibliographiques fournies par des éditeurs.

Ces références ne comportent pas de descripteurs MeSH.

Elles sont signalées par l’expression [PubMed as supplied by publisher] ou bien par l’expression [PubMed].

  des liens vers plus de 3200 revues électroniques.

Attention : un abonnement est nécessaire pour accéder au texte intégral de la majorité des revues.

  des liens vers des banques de données de biologie moléculaire du NCBI.

  des liens vers des manuels en ligne élaborés par le NCBI en collaboration avec des éditeurs de livres.

Période de couverture

1966-Présent.

Mise à jour

La mise à jour de PubMed est hebdomadaire.

RECHERCHE SIMPLE

La recherche par sujet

La recherche par auteur

La recherche par revue

Combinaisons intra et interchamps

La recherche par sujet

Recherche avec un seul mot-clé

Saisir un mot-clé (langage naturel) en anglais dans la zone de requête puis cliquer sur le bouton Go.

PubMed recherche le mot-clé successivement dans :

  la table du MeSH (MeSH translation table)

  la table des revues (Journal translation table)

  une liste de phrases (Phrase list)

  l’index des auteurs (Author index)

Si le mot-clé n’est pas trouvé, PubMed combine les différents termes qui constituent le mot-clé par l’opérateur booléen AND et relance la recherche.

Combinaison de plusieurs mot-clés

Saisir les mots-clés les uns à la suite des autres en les séparant par un espace puis cliquer sur le bouton Go.

PubMed repère les termes les plus significatifs et les combine par l’opérateur booléen AND.

Recherche d’ une expression

Si, par exemple, on saisit les termes : vitamin c common cold, PubMed effectue la combinaison vitamin c AND common cold.

Vitamin c a été reconnu comme un seul terme à rechercher.

Mais attention, ce n’est pas le cas de toutes les expressions.

Si, par exemple, on saisit l’expression : pressure point, PubMed effectue la combinaison pressure AND point.

Pour Forcer PubMed à rechercher l’expression pressure point, il faut mettre cette expression entre guillemets.

Troncature

Dans la recherche par sujet, on peut utiliser la troncature, symbolisée par une *.

Par exemple : bacter* permet d’ effectuer la recherche bacteria OR bacterium OR bacteriophage OR...

Si la troncature induit plus de 150 termes à combiner, PubMed affiche à l’écran un message d’erreur.

MeSH Browser

Pour effectuer des recherches pertinentes, il est préférable d’utiliser des mot-clés qui sont des descripteurs MeSH.

Le MeSH (Medical Subject Headings) est le thesaurus de la base de donnée Medline.

C’est un langage artificiel qui permet de faire correspondre le langage naturel des utilisateurs avec celui contenu dans les documents.

La Fonction MeSH Browser de Pubmed permet de consulter le MeSH et de lancer une recherche à partir d’un descripteur précis.

1/ cliquer sur le bouton Mesh Browser du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

2/ saisir un mot-clé en anglais dans la zône de requête puis cliquer sur le bouton Go.

PubMed recherche l’équivalent du mot-clé dans le MeSH, c’est à dire, le descripteur correspondant, puis l’affiche à l’écran.

Une définition du descripteur précise dans quel sens MEDLINE utilise ce descripteur.

D’autre part, un schéma montre la place du descripteur dans la structure hiérarchique du MeSH.

3/ deux possibilités :

  cliquer sur le bouton Detailed display pour restreindre la recherche en appliquant au descripteur un ou plusieurs subheadings (concepts généraux).

Une fois les subheadings sélectionnés, il suffit de cliquer sur le bouton Add puis sur le bouton PubMed Search pour lancer la recherche.

  cliquer sur le bouton Add puis sur le bouton PubMed Search pour lancer la recherche sur le descripteur.

Dans ce cas de figure, tous les subheadings associés au descripteur sont pris en compte pour la recherche.

La recherche par auteur

Exemples avec les auteurs qui portent le nom smith :

1/ si on saisit le nom smith dans la zone de requête et que l’on valide, PubMed applique automatiquement une troncature après le nom et recherche : smith a OR smith au OR smith b OR....

où a, au, b...sont les initiales des prénoms.

2/ si on saisit le nom smith j, PubMed applique aussi la troncature après le j et recherche : smith j OR smith ja OR smith jb OR...

3/ si on entre ‘smith j’[au], PubMed n’applique pas la troncature et ne recherche que les articles de l’auteur smith j.

La recherche par revue

Journals Database regroupe l’ensemble des revues des bases de données PubMed, Nucleotide et Protein.

1/ cliquer sur le bouton Journals Database du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

La recherche par revue peut s’effectuer en utilisant :

  le titre entier de la revue (Ex. :circulation research)

  le titre abrégé de la revue, défini par la NLM (Ex. :circ res)

  le titre abrégé de la revue , défini par l’ISO (Ex :circ. res.)

  le NLM ID (numéro identifiant de la notice catalographique de la revue dans LocatorPlus) (Ex : 0047103)

  l’ISSN de la revue (pISSN ou eISSN) (Ex : pISSN=0009-7330, eISSN=1524-4571)

Il est également possible de rechercher par mots du titre.

Exemple : diabetes permettra de retrouver tous les titres de revues qui contiennent le mot-clé diabetes.

Pour limiter la recherche aux revues dépouillées dans PubMed, cliquer sur le bouton Limits, puis cocher la case « Only PubMed Journals ».

2/ Cliquer sur le bouton Go

3/ On obtient alors une notice descriptive de la revue.

Cette notice contient : titre développé de la revue, pISSN, eISSN, MEDLINE abréviation, ISO abréviation, NLM ID.

Un clic sur le titre développé de la revue permet d’accéder à une notice plus détaillée : Date à partir de laquelle la revue a commencé a être publiée par l’éditeur (Publication Start Year), Date de la dernière année de publication de la revue par l’éditeur (Publication End Year), Nom de l’éditeur (Publisher), Langue de publication (Language), Pays de publication (Country).

Un clic sur le NLM ID de la revue permet d’accéder à la notice catalographique de la revue dans Locator Plus qui est le catalogue des revues de la NLM.

Dans le cas des revues dépouillées dans Medline, il existe une seule et même notice pour les éditions papier et électronique de la revue.

Dans le cas des revues qui ne sont pas dépouillées dans Medline, il peut encore exister plusieurs notices, une pour l’édition papier et l’autre pour l’édition électronique de la revue.

La notice catalographique apporte des informations supplémentaires : adresse de l’éditeur, périodicité, et surtout la date à partir de laquelle la revue a commencée à être dépouillée dans Medline et dans PubMed.

4/ sur le côté droit de l’écran, le menu Links affiche la liste des bases de données qui dépouillent la revue (PubMed et /ou Nucleotide et/ou Protein).

Cliquer sur PubMed pour afficher les références des articles de la revue dans PubMed.

La fonction Journals Database permet également d’accéder à une liste de liens vers des revues électroniques.

Pour cela, cliquer sur l’option Journal with links to full-text web sites, puis cliquer sur une revue donnée pour accéder au site web.

Les revues avec lien peuvent également être classées par éditeur (lien Journal provider).

Attention : un abonnement est nécessaire pour accéder au texte intégral de la majorité des revues.

Combinaisons intrachamps et interchamps

1/ combinaison de deux sujets

Ex : mycosis fungoides AND molecular biology

2/ combinaison entre un auteur et une revue

Ex. : ‘thono s’[au] AND cell mol biol

3/ combinaison entre un auteur et un sujet

Ex. : ‘thono s’[au] AND popliteal artery

4/ combinaison entre un sujet et une date de publication

Ex : mycosis fungoides AND 1999

Etc.

RECHERCHE AVANCEE

PubMed offre la possibilité d’effectuer des stratégies de recherche plus complexes en utilisant des opérateurs booléens et en utilisant des fonctions de recherche supplémentaires proposées dans la barre de fonctions située au-dessous de la zone de requête.

Ces fonctions sont :

Limits

Index History

Clipboard

Limits

La fonction Limits permet de limiter une recherche :

  à un champ de recherche particulier.

Par défaut, la recherche est effectuée dans le champ All Fields (titre, résumé et mots-clés MeSH).

  à un type de publication (Publication Types) : Clinical Trial, Editorial, Letter, Meta-analysis, Practice Guideline, Randomized Controlled Trial, Review.

  aux articles rédigés dans une langue spécifique (Languages).

  à un groupe d’âge (Ages).

  aux études sur l’homme ou l’animal (Human or Animal).

  à un genre : male ou female (Gender)

  à une date de publication ou un intervalle de date de publication (Publication Date).

  à une date d’entrée des références dans PubMed (Entrez Date).

  à une catégorie particulière de références dans PubMed (Subsets) : Aids, Bioethics, Complementary Medicine, Core Clinical Journals, Dental Journals, History of Medicine, Medline, Nursing Journals, PubMed Central, Space Life Sciences, Toxicology.

  aux références qui ont un résumé (Only items with abstracts).

On peut appliquer plusieurs limites simultanément (PubMed effectue une combinaison en utilisant l’opérateur booléen AND).

Informations complémentaires sur les « Subsets » :

Index

La fonction Index permet de visualiser une liste de termes à l’intérieur d’un champ de recherche donné.

1/ sélectionner un champ de recherche donné.

2/ entrer un terme à rechercher dans l’index puis cliquer sur le bouton View.

PubMed affiche une fenêtre contenant une liste alphabétique des termes disponibles.

A droite de chaque terme est indiqué le nombre de références bibliographiques qui contiennent ce terme.

3/ sélectionner un ou plusieurs termes en surbrillance.

Pour sélectionner plusieurs termes à la fois, utiliser la touche Ctrl du clavier.

4/ cliquer sur le bouton qui correspond à l’opérateur booléen voulu : AND, OR, NOT.

La combinaison demandée s’inscrit automatiquement dans la zone de requête.

5/ Cliquer sur le bouton Go pour lancer la recherche et voir le résultat.

History

La fonction History permet de visualiser les différentes étapes d’une ou de plusieurs stratégies de recherche effectuées avec, en face de chaque étape, le nombre de références bibliographiques correspondant.

Elle permet également de combiner des étapes de recherche ou de recouper des stratégies de recherche en utilisant des opérateurs booléens (AND, OR).

Exemple : soit les étapes de recherche suivantes :

#1 aneurysm

#2 popliteal artery/surgery

Pour combiner les deux termes par AND :

1/ effacer le contenu de la zone de requête en cliquant sur le bouton Clear.

2/ saisir #1 AND #2

Attention ! : mettre l’opérateur booléen en majuscules.

3/ cliquer sur le bouton Go.

La fonction History peut contenir jusqu’à 100 étapes de recherche.

Lorsque les 100 étapes sont atteintes, PubMed efface la requête la plus ancienne et la remplace par la requête la plus récente.

Après une heure d’inactivité sur PubMed, toutes les étapes de recherche sont effacées.

On ne peut pas sauvegarder une stratégie de recherche contenant des combinaisons effectuées à l’aide de la fonction History car, par définition, la fonction History est perdue au bout d’une heure.

Clipboard

Se rapporter au chapitre ‘visualisation des références bibliographiques’.

Méthodes pour restreindre le résultat d’une recherche

Ajouter des descripteurs à la recherche

Utiliser la fonction Limits

Utiliser des Subsets

Rechercher les références pour lesquelles les descripteurs correspondent au sujet principal de l’article

Ne pas exploser les descripteurs

Ajouter des descripteurs à la recherche

Ajouter un ou plusieurs descripteurs à la stratégie de recherche en les combinant par un opérateur booléen AND.

Utiliser la fonction Limits

Se rapporter au chapitre Recherche avancée.

Utiliser des Subsets

Il est possible de restreindre la recherche à des références bibliographiques particulières de PubMed en utilisant des SUBSETS.

Il existe 4 catégories de subsets :

1/ Les Subject Subsets

Ils permettent de retrouver les références bibliographiques de PubMed qui sont relatives à une thématique bien déterminée.

Sept Subject Subsets existent :

AIDS

BIOETHICS

COMPLEMENTARY MEDICINE

HISTORY OF MEDICINE

SPACE LIFE SCIENCES

SYSTEMATIC REVIEWS

TOXICOLOGY

Pour restreindre la recherche à un Subject Subset particulier :

1ère façon : utiliser le menu déroulant Subset de la fonction Limits (sauf pour la thématique Systematic reviews pour laquelle il faut passer par la fonction Clinical Queries. Voir à ce sujet le chapitre Recherche d’informations cliniques).

2ème façon : saisir dans la zône de requête de PubMed la stratégie de recherche suivante :

descripteur AND ?[sb] où ? designe aids, bioethics, cam, history, space, systematic, ou tox

Exemple : asthma AND cam[sb]

2/ Les Citation Status Subsets

Ils permettent de restreindre la recherche à des références bibliographiques de PubMed qui ont un statut bien déterminé.

Trois Citation Status Subsets existent :

PubMed-as supplied by publisher

PubMed -in process

PubMed-indexed for Medline

Pour restreindre la recherche à un Citation Status Subset particulier :

1ère façon : utiliser le menu déroulant Subset de la fonction Limits

2ème façon : saisir dans la zône de requête de PubMed la stratégie de recherche suivante :

descripteur AND ?[sb] où ? désigne publisher, in process ou medline.

Exemple : asthma AND medline[sb]

3/ Les Journal/Citation Subsets

Ils permettent de restreindre la recherche à des références bibliographiques de PubMed qui qui sont relatives à des revues spécialisées.

Onze Journal/Citation Subsets existent :

AIM-Abridge Index Medicus = ensemble de 120 revues cliniques majeures en langue anglaise.

D-Dentistry journals

E-Citations from bioethics journals or selected bioethics citations from other journals

H-Health administration journals, non-Index Medicus

IM-Index Medicus journals

K-Consumer Health Journals, non-Index Medicus

N-Nursing journals

Q-History of medicine journals and selected citations from other journals

S-Citations from space life sciences journals and selected space life sciences citations from other journals.

T-Health technology assessment journals, non-Index medicus

X-AIDS/HIV journals (selected citations from other journal 1980-2000).

Pour restreindre la recherche à un Journal/Citation Subset particulier :

1ère façon : utiliser le menu déroulant Subset de la fonction Limits

2ème façon : saisir dans la zône de requête de PubMed la stratégie de recherche suivante :

descripteur AND jsubset ? où ? désigne la lettre ou groupe de lettres précisée(s) ci dessus

Exemple : asthma AND jsubsetd

4/ PubMed Central

Ce Subset permet de restreindre la recherche aux références bibliographiques d’articles dont le texte intégral peut être obtenu gratuitement sur le site Web PubMed Central.

Pour restreindre la recherche aux articles dans PubMed Central :

1ère façon : utiliser le menu déroulant Subset de la fonction Limits

2ème façon : saisir dans la zône de requête de PubMed la stratégie de recherche suivante :

descripteur AND pmc[sb]

Rechercher les références pour lesquelles les descripteurs correspondent au sujet principal de l’article

Il est possible de restreindre une recherche aux références bibliographiques pour lesquelles les descripteurs saisis correspondent au sujet principal de l’article.

1/ cliquer sur le bouton MeSH Browser du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed

2/ dans la zône de requête, saisir un descripteur MeSH puis cliquer sur le bouton Go

3/ cliquer sur le lien Detailed display

4/ cocher la case Restrict Search to Major Topic headings only

5/ cliquer sur le bouton Add

6/ cliquer sur bouton PubMed Search

Ne pas exploser les descripteurs

La base de données MEDLINE utilise un thesaurus, le MeSH (Medical Subject Headings), qui est composé de mots-clés appelés descripteurs MeSH.

Ces descripteurs ont des relations hiérarchiques.

Par exemple : arborescence du descripteur Jaw

Jaw

Alveolar process

Tooth Socket

Dental arch

Mandible

Chin

Mandibular Condyle

Maxilla

Palate, hard

Si on effectue une recherche avec le descripteur Jaw, par défaut, PubMed recherche les références bibliographiques qui contiennent le descripteur Jaw mais également les références bibliographiques qui contiennent les descripteurs de niveau plus spécifiques : alveolar process, dental arch...

On dit que PubMed effectue, par défaut, une explosion du descripteur MeSH.

Il est possible de restreindre le nombre de références en faisant en sorte que le descripteur MeSH saisi ne soit pas explosé :

1/ cliquer sur le bouton MeSH Browser du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed

2/ dans la zône de requête, saisir un descripteur MeSH puis cliquer sur le bouton Go

3/ cliquer sur le lien Detailed display

4/ cocher la case Do Not Explode this term

5/ cliquer sur le bouton Add

6/ cliquer sur bouton PubMed Search

Méthodes pour élargir le résultat d’une recherche

Enlever des descripteurs

Trouver d’autres descripteurs en relation avec le sujet de recherche

Enlever des descripteurs

Si une recherche documentaire donne trop peu de références, supprimer un ou plusieurs descripteurs de la stratégie de recherche utilisée ou bien utiliser des descripteurs exprimant un concept plus général (voir l’arborescence du MeSH).

Trouver d’autres descripteurs en relation avec le sujet de recherche

Pour trouver d’autres références bibliographiques en relation avec son sujet de recherche :

1/ repérer dans vos recherches antérieures une ou plusieurs références pertinentes

2/ les cocher

3/ sélectionner le format Citation puis cliquer sur le bouton Display

Le format Citation permet de visualiser la liste des descripteurs MeSH qui caractérisent le contenu informationnel des articles et permet donc de trouver d’autres descripteurs à utiliser pour la recherche

4/ effectuer une nouvelle recherche avec les nouveaux descripteurs trouvés

Visualisation des références bibliographiques

Lorsque l’on saisit une requête et que l’on clique sur le bouton Go, PubMed lance la recherche et affiche à l’écran les références bibliographiques qui répondent à la question.

La zone de requête

Le bouton Details

Le menu Sort

Le bouton Send to

Le format résumé (summary format)

Les autres formats

La mention Related Articles

Le bouton Show

La zone de requête

La zone de requête affiche la recherche en cours.

Cette zone est active : à tout moment on peut modifier la recherche et cliquer sur le bouton Go.

On peut aussi effacer la recherche et en démarrer une nouvelle en cliquant sur le bouton Clear.

Le bouton Details

Le bouton Details permet de faire apparaître à l’écran une fenêtre contenant le détail de la stratégie de recherche effectuée par PubMed.

Le menu Sort

Par défaut, PubMed affiche les références bibliographiques par date d’entrée (Entrez Date)des références dans PubMed décroissante et sous un format dit résumé.

Le menu Sort permet de trier les références bibliographiques :

  par ordre alphabétique des auteurs (Autor)

  par ordre alphabétique des titres de revues (Journal)

  par date de publication des articles décroissante (Pub Date)

1/ sélectionner les références bibliographiques à trier en les cochant.

Si aucune référence bibliographique n’est sélectionnée, c’est l’ensemble des références issues de la recherche qui est trié.

2/ dans le menu déroulant Sort, sélectionner le critère de tri.

3/ cliquer sur le bouton Display.

Le bouton Sent to

Send to File

Permet de sauvegarder des références bibliographiques pour pouvoir les visualiser sous un traitement de texte

Voir le chapitre Sauvegarde d’un lot de références bibliographiques.

Send to text

Permet d’afficher les références bibliographiques au format texte.

Il est conseillé de mettre les références bibliographiques au format texte avant de les imprimer afin que les résumés ne soient pas tronqués lors de l’impression.

Send to Clipboard

Permet de conserver, dans une fenêtre spéciale, des références bibliographiques sélectionnées à partir de une ou de plusieurs stratégies de recherche pour pouvoir, par la suite, les imprimer ou les sauvegarder.

Pour cela :

1/ cocher les références bibliographiques à mettre dans Clipboard.

2/ cliquer sur le bouton Send to Clipboard

Si on oublie de sélectionner au préalable les références, PubMed transfère l’ensemble des références dans Clipboard.

Le maximum de références que l’on peut sélectionner est 500.

Après 1 heure d’inactivité sur PubMed, la sélection est perdue.

Pour voir le contenu de clipboard, cliquer sur l’option Clipboard de la barre de fonctions.

Pour effacer des références de Clipboard, cocher les références à supprimer puis cliquer sur le bouton Send to Clip Remove.

Pour effacer tout le contenu de Clipboard, cliquer directement sur le bouton Send to Clip Remove.

Sent to Order

Le format résumé (summary format)

Par défaut, PubMed affiche les références bibliographiques par date d’entrée (Entrez Date)des références dans PubMed décroissante et sous un format dit résumé.

Ce format comporte :

  le nom du premier auteur.

  Le titre de l’article.

  La source : revue, date de publication, volume, numéro et pages.

  La langue de l’article (la langue anglaise n’est pas mentionnée).

  Indication sur l’existence ou pas d’un résumé (mention ‘no abstract available’).

  Le statut de la référence bibliographique : [MEDLINE], [MEDLINE record in process] ou [Record as supplied by publisher].

Les autres formats

Ces mêmes références bibliographiques peuvent être visualisées sous 4 autres formats :

Brief format

Abstract format

Citation format

MEDLINE format

Si on sélectionne un format et que l’on clique sur le bouton Display, le format s’applique, par défaut, à toutes les références bibliographiques.

Si on sélectionne un format, que l’on coche au préalable un certain nombre de références et que l’on clique sur le bouton Display, le format choisi ne s’applique qu’aux références cochées.

Le format Brief

Il comporte :

  le nom du premier auteur.

  les dix premiers caractères du titre de l’article.

Le format Abstract

Il comporte :

  la souce : revue, date de publication, volume, numéro et pages.

  le statut de la référence bibliographique : [MEDLINE], [MEDLINE record in process] ou [Record as supplied by publisher].

  le titre de l’article en anglais.

  le titre original entre crochets si l’article est rédigé dans une langue étrangère.

  les 25 premiers auteurs.

  un résumé, s’il y en a un.

Le format Citation

Il comporte, en plus du format Abstract :

  les descripteurs MeSH (sauf pour les [MEDLINE record in process] et les [Record as supplied by publisher]).

  Chemicals substances.

  Grant numbers.

Le format MEDLINE

Il présente les plus petits éléments d’information des références bibliographiques les uns au-dessous des autres avec le nom des champs en abrégé.

Ce format est à utiliser si on veut sauvegarder des références pour les réintégrer dans un logiciel de gestion de références bibliographiques (Ex : Reference Manager).

La mention Related Articles

En face de chaque référence bibliographique se trouve la mention Related Articles.

Related Articles permet de retrouver des articles de Medline dont le sujet se rapproche de celui qui a été sélectionné.

PubMed compare les mots du titre, du résumé et des descripteurs MeSH en utilisant un algorithme.

Les références sont affichées par ordre de pertinence décroissant.

Le bouton Show

Le bouton Show permet de définir le nombre de références bibliographiques à afficher par page.

Par défaut, ce nombre est de 20 mais il peut être augmenté jusqu’à 500.

Pour cela, sélectionner le nombre voulu puis cliquer sur le bouton Display.

Sauvegarde d’un lot de références bibliographiques

Sauvegarde de l’ensemble des références bibliographiques d’une seule stratégie de recherche

Sauvegarde d’un ensemble de références bibliographiques sélectionnées à partir d’une seule stratégie de recherche

Sauvegarde d’un ensemble de références bibliographiques sélectionnées à partir de plusieurs stratégies de recherche.

Sauvegarde de l’ensemble des références bibliographiques d’une seule stratégie de recherche

1/ appliquer à l’ensemble des références le format de visualisation voulu en utilisant le bouton Display.

2/ cliquer sur le bouton Send to File

Bien que l’écran n’affiche que les 20 premières références, c’est l’ensemble des références qui est sauvegardé.

3/ suivre les instructions de votre système informatique :

  donner un nom au fichier de sauvegarde.

  préciser le répertoire de sauvegarde du fichier.

  cliquer sur le bouton Enregistrer.

4/ rouvrir le fichier sous un logiciel de traitement de texte.

Le maximum de références que l’on peut sauvegarder est 10 000.

Sauvegarde d’un ensemble de références bibliographiques sélectionnées à partir d’une seule stratégie de recherche

1/ cocher les références à sauvegarder.

2/ appliquer aux références ainsi sélectionnées le format de visualisation voulu en utilisant le bouton Display.

3/ cliquer sur le bouton Send to File.

4/ suivre les instructions de votre système informatique :

  donner un nom au fichier de sauvegarde.

  préciser le répertoire de sauvegarde du fichier.

  cliquer sur le bouton Enregistrer.

5/ rouvrir le fichier sous un logiciel de traitement de texte.

Sauvegarde d’un ensemble de références bibliographiques sélectionnées à partir de plusieurs stratégies de recherche

1/ sélectionner les références à sauvegarder en utilisant le bouton Send to Clipboard.

2/ afficher le contenu de Clipboard en cliquant sur la fonction Clipboard de la barre de fonctions.

3/ appliquer aux références le format de visualisation voulu en utilisant le bouton Display.

4/ cliquer sur le bouton Send to File.

5/ suivre les instructions de votre système informatique :

  donner un nom au fichier de sauvegarde.

  préciserle répertoire de sauvegarde du fichier.

  cliquer sur le bouton Enregistrer.

6/ rouvrir le fichier sous un logiciel de traitement de texte.

Sauvegarde d’une stratégie de recherche

Il est possible de sauvegarder une stratégie de recherche pour la rappliquer à la base PubMed ultérieurement.

Deux systèmes de sauvegarde existent :

sauvegarde d’une stratégie de recherche dans des signets (bookmarks)

sauvegarde d’une stratégie de recherche à l’aide de l’option Cubby

La sauvegarde d’une stratégie de recherche dans des signets (bookmarks)

1/ effectuer une stratégie de recherche.

2/ sur la page de visualisation des résultats, cliquer sur le bouton Details.

3/ cliquer sur le bouton URL.

L’adresse de la stratégie de recherche apparaît dans la zone URL de votre navigateur Internet.

4/ à l’aide des commandes de votre navigateur Internet, ajouter l’adresse URL à vos signets (bookmarks).

L’adresse URL est sauvegarder sous le nom de Entrez-PubMed.

Vous pouvez la renommer en modifiant les propriétés du signet.

5/ pour rappliquer la stratégie de recherche sur PubMed :

  ouvrir votre navigateur Internet.

  aller dans vos signets (bookmarks) rechercher l’adresse URL qui correspond à la stratégie de recherche puis double-cliquer dessus.

Remarque 1 : une fois la stratégie de recherche rappliquée à la base PubMed, il est possible d’afficher à l’écran les nouvelles références bibliographiques apparues dans la base depuis la dernière consultation en utilisant l’option Entrez Date de la fonction Limits :

  cliquer sur la fonction Limits de la barre de fonctions.

  sélectionner une valeur pour Entrez Date (par exemple, les références entrées dans la base depuis les 30 derniers jours).

Remarque 2 : on ne peut pas sauvegarder une stratégie de recherche contenant des combinaisons effectuées à l’aide de la fonction History, car, par définition, la fonction History est perdue au bout d’une heure d’inactivité.

Sauvegarde d’une stratégie de recherche à l’aide de l’option Cubby

L’accès à Cubby nécessite un enregistrement gratuit préalable :

1/ Cliquer sur le bouton Cubby du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

2/ Se choisir un nom d’utilisateur (User Name) et un mot de passe (Login).

3/ Cliquer sur le bouton I want to register to Cubby.

4/ Remplir le formulaire puis cliquer sur le bouton Register.

Pour sauvegarder une stratégie de recherche :

1/ Effectuer une stratégie de recherche .

Cette stratégie peut contenir des limites effectuées à l’aide de la fonction Limits mais ne peut pas contenir :

  des liens sur Related Articles.

  des combinaisons booléennes effectuées à l’aide de la fonction History, car, par définition, la fonction History est perdue au bout d’une heure d’inactivité.

  des dates ou des intervalles de dates de publication (déconseillé).

2/ Cliquer sur le bouton Cubby du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

3/ Donner un nom à la stratégie de recherche (Cubby Search Name) puis cliquer sur le bouton Store in Cubby.

4/ Pour quitter Cubby, cliquer sur le bouton Log Out dans le menu situé à gauche de l’écran.

Il est possible de sauvegarder jusqu’à 100 stratégies de recherche.

Les stratégies sauvegardées sont listées avec, pour chacune, un numéro (Search), un nom (Cubby Search Name), la date et l’heure d’exécution de la stratégie (Date and Time).

Pour rappliquer une stratégie de recherche sauvegardée :

1/ Cliquer sur le bouton Cubby du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

2/ Cocher la stratégie de recherche à rappliquer puis cliquer sur le bouton what’s new for selected.

PubMed affiche alors à l’écran les nouvelles références bibliographiques apparues dans la base depuis la dernière exécution de la stratégie .

3/ Cliquer sur what’s new pour visualiser les nouvelles références et mettre à jour la date et l’heure de dernière exécution de la stratégie.

4/ Pour quitter Cubby, cliquer sur le bouton Log Out dans le menu situé à gauche de l’écran.

Pour modifier une stratégie de recherche sauvegardée :

1/ Cliquer sur le bouton Cubby du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

2/ Cliquer sur le nom de la stratégie de recherche à modifier.

Le détail de la stratégie s’affiche à l’écran.

3/ Cliquer sur le bouton Search : la stratégie de recherche est relancée sans mise à jour.

4/ Dans la zône de requête de PubMed, modifier la stratégie de recherche (ajout/suppression de descripteurs, ajout de limites avec la fonction Limits) puis cliquer sur le bouton Go.

5/ Cliquer sur le bouton Cubby du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

6/ Donner un nom à la stratégie de recherche (Cubby Search Name) puis cliquer sur le bouton Store in Cubby.

7/ Supprimer l’ancienne stratégie de recherche : sélectionner la stratégie en la cochant puis cliquer sur le bouton Delete Selected Searches

Recherche d’un seul article ou d’un sommaire de numéro de revue

Il est possible de rechercher la référence bibliographique d’un article bien précis ou d’un sommaire d’un numéro particulier d’une revue en utilisant le bouton Single Citation Matcher.

Pour cela :

1/ cliquer sur le bouton Single citation matcher dans le menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed.

2/ saisir les informations bibliographiques connues(titre de la revue, date de publication, volume, numéro, pages, auteur, mots du titre de l’article) dans les champs voulus.

Il faut obligatoirement saisir au moins un champ.

3/ cliquer sur le bouton search.

Attention ! : dans le cas de la recherche d’un sommaire de numéro, ne pas oublier que pour certaines revues, la NLM ne référence pas tous les articles.

C’est le cas, par exemples, des revues scientifiques d’ordre général (Science, Nature).

Recherche d’informations cliniques

Le bouton Clinical queries du menu situé à gauche de la page d’accueil de PubMed permet de retrouver des informations cliniques dans Medline en utilisant une méthode de recherche par filtres.

Deux séries de filtres sont proposés :

  therapy, diagnosis, etiology, prognosis.

  sensitivity, specificity.

Ces filtres on étés établis d’après une étude réalisée par R. Brian Haynes, M.D., Ph.D. de l’Université Mc Master au Canada.

Liens vers les éditeurs de revues électroniques et les bases de données de biologie moléculaire

Lors de l’affichage des résultats d’une recherche (quel que soit le format d’affichage), PubMed propose, en face de chaque référence bibliographique, des liens vers des éditeurs de revues électroniques et des bases de données de biologie moléculaires du NCBI.

Ces liens sont :

Link Out : liens externes vers des revues électroniques ou d’autres sites Web .

Protein : lien vers les séquences peptidiques des banques Swiss-prot, PIR, PRF, PDB.

Nucleotide : lien vers les séquences nucléotidiques des banques GenBank, EMBL, DDJB.

PopSet : base de données contenant un lot de séquences d’ ADN permettant d’analyser l’évolution d’une population donnée.

Structure : lien vers la banque Molecular Modeling Database (MMDB) contenant de s structures 3D obtenues par cristallographie des rayons X et spectroscopie RMN.

Genome : lien vers des graphiques de génomes et de chromosomes entiers.

Systèmes d’alerte par courrier électronique

Des programmes informatiques, accessibles gratuitement sur l’Internet, permettent l’exécution automatique d’une stratégie de recherche sur PubMed selon une fréquence donnée, avec envoi par courrier électronique des résultats.

PubCrawler (http://www.pubcrawler.ie/)

j.a.d.e (http://www.biodigital.org/jade/)

BioMail (http://www.biomail.org)

MedFetch (http://www.medfetch.com)

Pour suivre les nouveautés

Rubrique News sur le site de PubMed (http://www4.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/news.html)

Bulletin technique de la NLM (http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/tb.html)