PubMed : Nouvelle interface

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

I. Page d’accueil

A droite de figure une zone d’interrogation pour la recherche d’un ou plusieurs termes. En dessous de cette zone apparaissent les 4 fonctions du Nouveau PubMed : Limits, Preview/Index, History et Clipboard

Limits

Cette fonction permet d’établir le cadre de la requête. La recherche peut être faite sur :

  l’ensemble des champs de la notice ou un champ en particulier

  un type de publication

  une langue

  l’homme ou l’animal

  le genre

  un groupe d’âge

  les dates de publication

  les différents sous-ensembles de PubMed : Medline, Premedline (références récentes non encore indexées dans Medline), Aids (la sélection sida de Medline) et Pubref (une extension de Medline).

Preview/Index

Permet d’afficher la liste alphabétique de l’Index Medline par champs et d’y sélectionner un ou plusieurs termes. Permet aussi de visualiser, sans lancer la recherche, le nombre de résultats correspondant à chaque niveau de question.

History

PubMed affiche l’historique de la stratégie et permet de croiser les différentes étapes de la stratégie entre elles.

Clipboard

La fonction Clipboard ou Presse papier permet de conserver les références de recherches différentes au cours d’une même session. Capacité maximale : 500 références.

II. Comment construire sa stratégie ?

Afin de mieux comprendre les différentes étapes de construction d’une stratégie, nous allons nous aider d’un exemple concret : recherche des articles écrit par Johnson J sur le diagnostic du cancer du sein et son traitement par le tamoxifen. Articles de langues anglaise et française, publiés entre 1980 et aujourd’hui

1ère étape  : analyse de la question

Quels sont les mots clés ? Cancer du sein (diagnostic et thérapie médicamenteuse en qualificatif) et tamoxifen.

Restriction à un auteur : Johnson J et à la langue : Anglais et Français.

Limites appliquées aux années de publication : 1980 à aujourdhui

2ème étape  : recherche des mots clés MeSH

La page d’accueil de PubMed permet de lancer immédiatement une recherche. Il suffit de saisir un ou plusieurs termes dans la zone de recherche. Mais le résultat risque d’être très important car PubMed recherche le ou les termes sur l’ensemble de la notice bibliographique. Pour une recherche par mots clés, il est préférable d’utiliser le vocabulaire MeSH de Medline.

Recherche des mots clés MeSH

Sur la partie gauche de l’écran,

cliquer sur

saisir à droite de le concept recherché.

Saisir Breast Cancers (qui n’est pas un terme MeSH) puis cliquer sur . Le MeSH Browser propose le terme MeSH associé : Breast Neoplasms

Définition du terme MeSH

Cliquer sur pour obtenir la liste des qualificatifs.

Cocher Diagnosis et Drug Therapy

Puis sélectionner l’opérateur OR.

A partir de ce même écran, on peut décider que le mot clé soit considéré comme mot clé majeur. Dans un tel cas cocher

Par défaut, le terme MeSH est explosé, c’est à dire que la recherche est faite sur tous les termes situés en dessous du terme MeSH sélectionné dans l’arborescence du MeSH (Dans notre exemple, l’explosion de Breast neoplasms englobe Breast neoplams male, Mammary neoplams, Mammary neoplams experimental et phyllodes tumor)

Pour éviter l’explosion, cocher

Cliquer sur pour valider cette première étape.

On peut maintenant, en recommençant l’opération, rechercher d’autres termes.

saisir tamoxifen puis cliquer sur

cliquer sur

cocher

cliquer sur

Cliquer sur pour lancer la recherche sur PubMed. La stratégie s’affiche alors dans la zone de recherche de la page d’accueil et on obtient directement les résultats (2740 résultats) avec les premiers titres.

3ème étape : recherche d’un auteur

cliquer sur à droite de la zone de recherche pour établir une nouvelle question

cliquer sur la fonction

sélectionner le champ Author Name

saisir Johnson J puis cliquer sur

sélectionner l’auteur désiré (Johnson J) dans l’index alphabétique des auteurs puis cliquer sur On obtient ainsi le nombre d’articles écrit par Johnson J

IVème étape : sélection d’une ou plusieurs langues

cliquer sur à droite de la zone de recherche pour établir une nouvelle question

sélectionner le champ Language

saisir english puis cliquer sur

sélectionner tout en appuyant sur la touche contrôle du clavier english et french puis cliquer sur On obtient ainsi le nombre d’article en anglais ou en français.

5ème étape : limiter aux années de publication

cliquer sur la fonction

Saisir 1980, 2001 à droite de la limite date de publication. (Le mois et le jour sont facultatifs).

6ème étape : combiner les différentes questions

cliquer sur la fonction . L’historique de la stratégie s’affiche à l’écran.

Il est possible maintenant de croiser les différentes étapes entre elles. Syntaxe : #n° question OPERATEUR (en majuscule) #n° question.

cliquer sur à droite de la zone de recherche pour établir une nouvelle question

saisir : #1 AND #2 AND #3 puis cliquer sur

La question n°4 s’affiche au niveau de l’historique et on peut vérifier que les limites ont été prises en compte. (La fonction limite est cochée ce qui signifie aussi que les limites ont été prises en compte).

A l’issu de cette recherche, on obtient 2 références.

III. Comment visualiser les résultats ?

Cliquer sur pour visualiser les titres des références.

puis sélectionner les références intéressantes

Dans notre exemple, les résultats sont très faibles. Dans le cas de résultats plus importants, PubMed affiche par défaut 20 titres par pages. Pour visualiser les titres suivants cliquer sur le numéro de la page suivante. (La sélection des références est conservée d’une page à l’autre).

Il est aussi possible de demander tous les titres sur une même page html. Sélectionner le chiffre désiré à droite de puis cliquer sur

Sélectionner un format d’affichage. Par défaut, le nouveau PubMed propose le format Summary.

Sélectionner le format Abstract pour avoir la notice avec résumé.

Cliquer sur

Les références apparaissent avec le résumé s’il y en a un.

IV. Impression et sauvegarde des références

Pour imprimer :

A partir de l’écran où l’on visualise les notices avec résumés, faire Fichier, Imprimer puis OK.

En fonction du navigateur, il peut arriver que le texte des références sortent de l’impression. Dans ce cas cliquer sur pour obtenir un format plus léger.

Pour sauvegarder les références :

A partir de la page de titres, sélectionner les références désirées

Cliquer sur

Dans le menu Fichier, sélectionner Enregistrer en tant que ficher.

V. Sauvegarde et rappel d’une stratégie

La sauvegarde d’une stratégie ne peut pas fonctionner sur des combinaisons de questions comme nous venons de le faire. (#1 AND #2 AND #3)

Cela n’est possible qu’à partir d’une question contenant des termes. (Ex : (("Breast Neoplasms/diagnosis"[MESH :noexp] OR "Breast Neoplasms/drug therapy"[MESH :noexp]) AND "tamoxifen"[MeSH Terms :noexp]))

èDans le cas d’une stratégie contenant des termes, à partir de la page de l’écran de résultats cliquer sur , puis sur

PubMed retourne à la page de résultats. La stratégie apparaît au niveau de la fenêtre de résultats et au niveau de l’adresse URL.

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Pour relancer la recherche, cliquer sur signets pour rappeler la page puis cliquer sur pour réactualiser les résultats