Mode d’emploi PUBMED

1. Page d’accueil/ sommaire

La page d’accueil est composée au centre de deux barres et d’une fenêtre d’interrogation, et à gauche d’un cadre.

Au centre

La barre du haut présente les différentes banques de données qui peuvent être interrogées par le logiciel de la NLM.  PubMed/Medline est la banque interrogée par défaut, les 5 autres sont :

  Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank,

  Protein : séquences protéiques de Swiss-prot, PIR, PRF, PDB,

  Genome : accès vers références et données sur le génome de près de 600 organismes,

  Structure : MMDB (Molecular Modeling Databases) structure 3D déterminée par cristallographie et Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy,

  Popset : base de données de séquences d’ADN pour faire du comparatif intra ou inter espèces (phylogénie).

Il n’existe qu’un seul module d’interrogation de Medline. Les modules " recherche simple " (basic) et " recherche avancée " (advanced) de l’ancien PubMed sont confondus. La barre du bas donne accès aux quatre fonctions avancées de PubMed (limits, index, history, clipboard).

A gauche

  Pubmed Services

Le cadre accueille les différents services PubMed dont Journal Browser, MeSH Browser, Citation Matcher (utile pour compléter des références dont on n’a que quelques éléments), Clinical Queries, Old Pubmed (accès à l’ancienne interface Pubmed).

  Related resources

  Order documents : service de commandes d’articles en texte intégral. Les articles sont fournis directement par la NLM et ce service fait l’objet d’un contrat payant.

  Grateful med :

Offre un accès à une autre interface permettant d’interroger Medline, ainsi que d’autres bases comme Aidsline...

  Consumer Health :

développement de l’information patient : La NLM a mis en ligne MEDLINEplus, destiné à l’information du "grand public".

  Clinical Alert : signalement des études cliniques ayant un impact sur la morbidité ou la mortalité.

Si vous tapez directement vos termes dans la fenêtre active de la page d’accueil sans utiliser les fonctions avancées et les services proposés dans la marge de gauche, le système informatique utilisera la fonction de mapping. Elle consiste à dresser la liste des mots " voisins " appartenant à " l’environnement " de ce terme. Le mapping d’un terme sert principalement à retrouver les mots clés du MeSH ® correspondant au terme (quand le terme lui-même n’appartient pas au thesaurus MeSH ® ). Il s’agit du remplacement automatique d’un terme non-MeSH ® par un terme MeSH ® .

Quand vous rentrez un terme qui n’est pas indexé MeSH ® , il y a une table de correspondance qui va rechercher une correspondance dans le vocabulaire MeSH ® . Ce mapping se réalise par défaut. Pour rechercher d’emblée dans les champs, il faut rentrer le mot entre "guillemets". A noter que lorsque la table de correspondance ne trouve pas d’équivalent, la recherche s’effectue sur tous les champs avec les mots saisis. L’ordre de recherche dans les tables de correspondances est le suivant :
  table d’équivalence MeSH ®, qui contient les termes MeSH ® , les qualificatifs et les noms de substances.
  table d’équivalence des noms de journaux, qui contient les noms complets des périodiques, les abréviations Medline et les numéros ISSN. Mapping automatique sur l’abréviation Medline.
  table d’équivalence des phrases : ces phrases existantes sont générées à partir du vocabulaire MeSH ® , et du "Unified Medical Language System" (UMLS).

2. Les quatre fonctions avancées

Limits : les limites

L’écran des différents composants de la recherche sur Medline comporte neuf fenêtres. Chacune d’entre elles se présente sous la forme d’un menu déroulant dans lequel vous faîtes votre sélection.

  All fields : champs (auteur, publication, le qualificatif, mot clé dans le texte, mot clé dans le titre, mot clé dans le MeSH ... ).

  Publication Types : types de publications (la revue, l’éditorial, la lettre, la recommandation, la méta-analyse, l’essai clinique et l’essai clinique contrôlé)

  Ages : de la naissance à 80 ans et plus

  Languages : langues (anglais, français, russe, japonais, espagnol, italien, allemand)

  Subsets : sous-ensembles de PubMed (Aids, aim -Abridged Index medicus-, dental, nursing, medline, premedline, publisher, pubref)

  Publication date : dates de publications (30 jours à 10 ans)

  Et aussi : résultats comportant un résumé, sexe, humain ou animal.

Attention : après chaque requête il faudra décocher cette case , car les limites pré sélectionnées restent actives.

Preview/Index : l’index

L’index a deux avantages :

  il facilite l’utilisation des opérateurs booléens http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi ?CMD=Index&DB=PubMed, il vous aidera notamment lorsque votre requête utilise plusieurs mots clés
  il permet d’afficher tous les termes de l’index PubMed en rapport avec le mot clé (MeSH, noms d’auteurs, publications, molécules chimiques...)

Fonctionnement :

Une fois le champs de recherche choisi, tapez le terme recherché dans la fenêtre active ; puis cliquez sur le bouton ’ index’, une liste alphabétique des termes présents dans Medline correspondant au champ considéré apparaît.

Pour choisir dans cette liste, un ou plusieurs termes, maintenez la touche clavier Ctrl enfoncée et cliquez sur votre souris. Ensuite cliquez sur le bouton de l’opérateur booléen choisi (AND, OR, NOT)

History : l’historique

Cette fonction permet d’afficher les requêtes successives (avec leur intitulé et leur résultat) effectuées au cours d’une session et leur attribue un numéro d’ordre (1, 2, 3, 4...).

L’historique a pour principal intérêt de permettre de combiner les étapes de recherches entre elles, et de revenir sur les résultats d’une autre étape de recherche (par un simple clic sur le nombre total de références inscrit à côté de la stratégie de recherche).

Attention, il disparaît après une heure d’inactivité.

Clipboard : le presse-papiers (ou panier)

Au cours de la même session, tous les résultats peuvent être conservés dans le presse-papiers. Pour cela, il suffit, à la fin d’une requête, de sélectionner les références que vous souhaitez conserver, d’activer le bouton Add to Clipboard qui figure dans l’écran des résultats.

La capacité du presse-papiers est limitée à 500 références et son contenu disparaît après une heure d’inactivité.

3. Les principaux services

Journal Browser

Il recense toutes les revues dont les articles bénéficient d’une indexation dans Medline. Lorsque vous saisissez dans la fenêtre active, un mot du nom de la revue , et que vous cliquez sur le bouton ’start’, vous obtenez une liste de revues sous forme de tableau : si vous cliquez sur le lien hypertexte dans la colonne ISSN, vous accédez à des informations concernant les revues (éditeur, adresse internet,...).

Si vous cliquez sur le lien hypertexte, dans la colonne ’abréviation’ dans Medline, vous accédez aux références des articles parus dans cette revue.

MeSH Browser :Sélectionner le "bon" terme MeSH

Dans la fenêtre de MeSH ® Browser, l’entrée d’un descripteur quelconque s’accompagne :

soit de la visualisation du terme dans l’arborescence du MeSH ® (si c’est un terme du MeSH ® ) ;

soit, si ce n’est pas un terme du MeSH ® , d’un mapping de ce terme. Lorsque vous tapez un mot dans la fenêtre du MeSH Browser, une liste de termes MeSH apparaît et vous permet de sélectionner le terme MeSH le plus approprié. Vous pouvez ensuite visualiser son arborescence, le majorer, choisir de ne pas l’exploser (par défaut l’explosion est automatique), et lui accoler un ou plusieurs qualificatifs (subheadings).

Sa fonction mapping est très utile. L’entrée d’un descripteur dans la fenêtre d’interrogation affiche l’arborescence du MeSH dans laquelle il figure, sous réserve que ce descripteur soit un " MeSH Term ".

Pondérer ou Exploser le MeSH ®

  Notion d’explosion

Une recherche faite avec un terme MeSH ® (majeur ou pas) ne retrouvera pas seulement les documents indexés avec ce terme, mais aussi tous ceux indexés avec les termes spécifiques (enfant) à ce terme (situés "en dessous" de lui dans l’arborescence). Cette "explosion" est automatique (par défaut) pour toutes les recherches.

Pour éviter cette explosion automatique, il faut spécifier après le terme en question : (mh :noexp) ou (MAJR :noexp) s’il s’agit d’un terme MeSH ® majeur. Dans la nouvelle version Medline/Pubmed, il suffit de cocher une case pour activer la non explosion d’un terme MeSH.

Astuce :

L’* ou astérisque, ajouté à la suite du terme recherché =empêche le ’mapping’ automatique et l’explosion automatique

  Notion de pondération C’est la possibilité de réduire une recherche aux références les plus pertinentes en utilisant uniquement les descripteurs MeSH ® majeurs. Cela est intéressant lorsque l’on veut limiter sa recherche aux documents où le terme MeSH ® recherché est le sujet principal de l’article. Attention, la pondération est à utiliser avec beaucoup de précautions car elle réduit considérablement le nombre de réponses.

Lorsque la pondération est utilisée d’emblée, elle réduit le nombre de références d’environ 40% pour une pathologie et 70% pour une technique chirurgicale

  Clinical Queries

Il s’agit d’un filtre de recherche spécialisé, très utilisé par les médecins pratiquant l’Evidence-based medicine. Vous pouvez choisir parmi quatre catégories : thérapie, diagnostique, étiologie, prognosis. Vous pouvez élargir (sensitive) ou restreindre (specific) la recherche